第16 次クルーは、初のISS 女性指揮官となったNASA の宇宙飛行士ペギー・ウィットソンと、フライトエンジニアであるロシア連邦宇宙局のユーリ・マレンチェンコ宇宙飛行士、初のマレーシア人宇宙飛行士となるシェイク・ムザファ・シュコア氏の３名です。

今回のミッションは、2007 年4 月からISS に滞在している第15 次クルー２名（フョードル・ユールチキン宇宙飛行士、オレッグ・コトフ宇宙飛行士）の交代と、ソユーズ宇宙船交換（14S から15S への交換）のためのミッションです。第15 次クルーの2 名は、タクシークルーであるマレーシア人のシュコア氏とともに10 月21 日（日）に地球に帰還の予定です。

公式装備品となったフォルティスの「B-42 コスモノートクロノグラフ」は2008 年4 月のISS 第17 次ミッションまで、ISS 船内でミッションを遂行します。